Entre em qualquer modalidade de envio já configurada e ativada em sua loja e localize o campo chamado "Atrelar modalidade a um Centro de Distribuição". Mude a configuração para determinar qual centro de distribuição irá acatar somente essa modalidade.
Fazendo isso, no momento que seu cliente realizar a cotação de frete na sua loja, iremos verificar se todos os itens do carrinho possui estoque em tal centro de distribuição para apresentar a modalidade exclusiva vinculado a ele.
Caso um produto não tiver estoque neste CD que possui a modalidade de envio exclusiva, a modalidade de envio não será apresentada.