Passo 1: Ao ser requisitada a confirmação da propriedade da sua loja irá aparecer a seguinte mensagem no seu Search Console:

Passo 2: Clique em "Métodos alternativos" e selecione o método "Tag HTML":

Passo 3: Insira o código informado no painel Administrativo da sua loja no menu E-commerce > SEO  no campo "Meta Verificação site":

Após isto basta clicar no botão "Verificar" que é mostrado no Passo 2.